今卡-生物图像提供：

1. 客观的H&E切片图像自动分析。
2. 客观的PAS切片图像自动分析。
3. 客观的免疫荧光图像自动分析。
4. 客观的多重免疫荧光/空间蛋白组学细胞距离分析。

客观的图片分析，能够避免人为主观分析的各种缺点，比如(1)相对随意的图片区域选择；(2)不同分析人员之间的标准差异；(3)同一分析人员不同时间的标准差异等，因此可以保证结果的可重复性。

1. 客观的H&E切片图像自动分析流程

1.1 理论基础

各种原因导致的炎症都伴随白细胞的浸润¹，或直观理解为病灶部位细胞增多，其通常通过H&E切片染色进行鉴别²。

本流程通过计数H&E切片中的相对细胞（核）总数和相对细胞核总面积，以实现客观的H&E切片自动分析。

1.2 流程和实例

说明：示例所用组织切片使用3DHISTECH公司出品的Pannoramic 250 FLASH数字病理切片扫描仪进行扫描，采用20×明场物镜，获得全幅高分辨率数字图像，并保存为.mrxs格式以供分析。本示例切片的.mrxs格式文件大小约600 M。

2. 客观的PAS切片图像自动分析流程

2.1 理论基础

PAS染色主要用于染色含有高比例碳水化合物（包括糖原）的结构³，比如用于小鼠肺哮喘模型的粘液分泌鉴别⁴。

本流程通过计数PAS切片中的相对PAS阳性颗粒总数和相对PAS阳性颗粒总面积，以实现客观的PAS切片自动分析。

2.2 流程和实例

3. 客观的免疫荧光图像自动分析流程

3.1 理论基础

免疫荧光（IF）是一种重要的免疫化学技术，能够在不同类型的组织和各种细胞制备中检测和定位多种抗原⁵，比如用于分析胞内菌和宿主细胞互作⁶、用于肿瘤的免疫治疗⁷等。

本流程通过无差别的选择视野（图片）中的所有胞内菌，并进行特定光通路对应区域的信号强度分析、及共定位分析，以实现客观的免疫荧光图像自动分析。

3.2 流程和实例

说明：示例所用共聚焦图片通过莱卡共聚焦显微镜获得，采用40×物镜，图片保存格式为tif。

4. 客观的多重免疫荧光/空间蛋白组学细胞距离分析流程

4.1 理论基础

多重免疫荧光/空间蛋白组学染色可以用于分析蛋白的空间表达、定位、相互作用，及细胞的空间分布、相互作用等⁸。举例来说，Franken等通过含62个抗体组合（Akoya Biosciences，美国）的空间蛋白组学比较分析了头颈部鳞状细胞癌患者接受anti-PD-L1+anti-CTLA4或anti-PD-L1治疗后的肿瘤微环境的细胞差异和细胞相互作用差异⁹。

本流程通过无差别的选择全片（图片）中的所有细胞、并进行细胞类型鉴别和细胞定位，以实现客观的多重免疫荧光/空间蛋白组学细胞距离分析。

4.2 流程和实例

说明：该流程参考自¹⁰.

References

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Haan, K. de et al. Deep learning-based transformation of h&e stained tissues into special stains. Nature Communications 12, (2021).

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Lundberg, E. & Borner, G. H. H. Spatial proteomics: A powerful discovery tool for cell biology. Nature Reviews Molecular Cell Biology 20, 285–302 (2019).

Franken, A. et al. CD4+ t cell activation distinguishes response to anti-PD-L1+anti-CTLA4 therapy from anti-PD-L1 monotherapy. Immunity 57, 541–558.e7 (2024).

10.

Franken, A., Bila, M. & Lambrechts, D. Protocol for whole-slide image analysis of human multiplexed tumor tissues using QuPath and r. STAR Protocols 5, 103270 (2024).